今や世界中で誰もが使っているスマホアプリ。そこには知られざる存在・アプリモンスター、通称“アプモン”が潜んでいる。アプモンとは自ら考え行動する人工知能を備えたアプリ生命体であり、人間の世界とデジタルな空間の狭間でシステムと人間のために機能していた。
しかし、ネットの海に潜む “凶悪なるラスボス人工知能・リヴァイアサン”はウィルスでアプモンたちを操り、各システムのハッキングを開始、ネットの側から人間世界をコントロールしようとしていた。
主人公の少年・新海ハルは、大いなる意思に導かれるように“アプリドライヴ”を手に入れ、“アプモンチップ”から検索アプリのモンスター・ガッチモンを実体化させる。
“アプリドライヴ”に隠された謎、アプモンが潜むネット世界と現実世界の中間に位置する不可思議なフィールドの存在、
2体のアプモンが進化していく“アプ合体”とは？ “リヴァイアサン”の本当の狙いとは一体…！？
読書好きの少年ハルと検索アプリのモンスター・ガッチモンの凸凹コンビがネットと現時世界を駆け巡る新感覚バディストーリーがいま起動する！