超大型巨人の出現により人類の平和と幻想が破られたあの日から、エレン・イェーガーの果てしない戦いの日々は続く……。抗する術もなく巨人の餌となった母の最期を目の当たりにして、この世から巨人を一匹残らず駆逐することを誓ったエレン。しかし、過酷な戦いの中で彼自身が巨人の姿に変貌してしまう――。人類の自由を勝ち取るために巨人の力を振るうエレンは、ウォール・シーナのストヘス区において「女型の巨人」と激突。巨人同士の激しい戦闘は、辛くもエレンの勝利となった。それでもエレンに、そして人類に、急速の時は訪れない。次なる戦いは既に始まりを告げている。ウォール・ローゼに迫り来る巨人の大群に、人類はどう立ち向かう!?