1000年前に一度滅んだ地球を「Y」と名乗る伝説の時計技師が時計仕掛けで再構築した世界。落ちこぼれの高校生・見浦ナオトは、「Y」が残した自動人形（オートマタ）のリューズ、そして天才時計技師の少女・マリーと出逢う。彼らの能力が噛み合う時、運命の歯車は回り出す。破綻と延命を繰り返し、崩壊寸前の地球（「クロックワーク・プラネット」）を修復するクロックパンク・ファンタジー！