戦国時代に新たなる風！半妖（はんよう）の姫たち、見参！運命は次の世代に託された—— 。
とわ、せつな、もろはは、妖怪と人間の血を引く半妖の少女たちだ。
幼い頃、森の火事に巻き込まれ、離ればなれになった双子の少女、とわとせつな。とわは、時代樹（じだいじゅ）の時空を越えるトンネルをくぐり抜け、戦国時代から現代へとタイムスリップ。かごめゆかりの日暮（ひぐらし）家の娘として育てられ、武道に長けた女子中学生に成長した。一方、戦国時代に残された妹のせつなは、妖怪退治屋のお頭となった琥珀（こはく）の下で妖怪退治を生業にしていた。もろはは、かごめと犬夜叉（いぬやしゃ）の娘。賞金稼ぎとして「化殺（ばけごろし）のもろは」の異名を取り、やはり妖怪退治に明け暮れている。
とわとせつなが別れ別れになってから、10年。時代樹の時空を越えるトンネルが再び開かれた。現代に現れたせつなと再会するとわだったが、せつなは何故かとわのことを忘れてしまっていた。
せつなと共に､現代にやって来たもろはも加わり、とわたち「半妖（はんよう）の夜叉姫（やしゃひめ）」が、現代を、そして戦国時代を、縦横無尽に暴れ回る！