――突如、地球上に現れ、あらゆる生命の脅威となった『ピラー』。打つ手もなく追い込まれていく人類に手を差し伸べたのは、自らを『オーディン』と名乗る神の存在だった。オーディンはピラーに対抗する術として、戦乙女『ワルキューレ』と、彼女たちの翼となる英霊機を人類に授け、反撃を宣言した。

それから数年――人類とピラーとの戦いが続く空、戦翼を纏った戦乙女たちが、そんな戦乙女たちを支える男たちが、世界を救うために命懸けの空を翔けている。

ここ日本も例外ではない。霊峰富士にそびえし巨大なピラーと対峙する、3人の戦乙女。いずれも腕は確かだが、揃いも揃って問題児ばかり。そこに、欧州から訳アリのエースパイロットがやって来ることになり……。