これは、成長の物語
宝石たちの中で最年少のフォスフォフィライトは、硬度三半とひときわ脆く、靭性も弱くて戦闘に向かない。また、他の仕事の適性もない。そのくせ口だけは一丁前という、まさに正真正銘の落ちこぼれだった。そんなフォスに、三百歳を目前にしてやっと初めての仕事が与えられる。それは、博物誌編纂という仕事。地味な仕事に不満なフォスだったが、彼はその目で世界を見、様々なことを経験する中で、しだいに大きなうねりに飲み込まれてゆく。そしてついに、彼は望まぬかたちで、欲しかった“強さ”を手にするのだが──。

これは、友情の物語
フォス以上の特異体質をもつのが、シンシャ。ただそこにいるだけで体から毒液を撒き散らしてしまうシンシャは、周りに迷惑を掛けまいと、独り夜に引きこもり心を閉ざしていた。ある日、月人に攫われそうになったところをシンシャに助けられたフォスは、「次は自分が君を救ってみせる」と約束する。博物誌の編纂に奔走しながら、シンシャが明るい世界に出てこられるよう、彼向けの仕事を探そうとするフォス。果たしてフォスの想いはシンシャに届くのか？　そして、二人の約束が果たされる日は来るのか──？

これは、戦いの物語
月から飛来する謎の敵“月人”。彼らは宝石たちを装飾品にしようと、特に美しい宝石を好み、一人また一人と宝石を攫っていくが、その正体は不明。しかも攫われた宝石は加工されて武器となり、宝石たちを苦しめる。さらに月人はどんどん改良され、強力になってゆく。次々と現れる月人に、二十八体の宝石たちは勝利することができるのか？　彼らの真の目的とは何なのか？　この終わりのない戦いに、終止符は打たれるのか？