新幹線超進化研究所は「漆黒の新幹線」が生出だす巨大怪物体から日本の平和と安全を守ため、「新幹線変形ロボ シンカリオン」を開発した。
シンカリオンとの高い適合率を持つ子供たちが運転士となり、研究所員たちと力を合あわせて強大な敵に立ち向かう！
果たして「漆黒の新幹線」の目的は・・・。子供たちは日本の平和と安全を守れるのか・・・。