「どんなナゾもすべて解明、それが我がレイトン探偵社のモットーです」。レイトン教授の娘「カトリーエイル・レイトン」は、しゃべる犬「シャーロ」と助手の「ノア」と一緒に「レイトン探偵社」を営み、ロンドンで起こる不思議な事件を日々、解決している。元々は、突如姿を消した父『エルシャール・レイトン』を探すという目的で始めた仕事ではあるが、奇想天外な発想によるナゾトキが徐々に話題となり、いろんな依頼が舞い込んでくるようになる。