ルパン三世と次元大介はフランスにいた。ある田舎町のアパルトマンの一室からドラマが始まる。

麻薬や銃など非合法な物まで何でも買える闇のサイト、‘マルコポーロ’。デジタル通貨を盗み出すため、ルパン達は厳重に警備されている巨大サーバ施設へ侵入する。そこで出会ったのは謎の天才ハッカー少女、アミ。

ルパンはアミと共に、マルコポーロの罠に立ち向かっていくが、敵が仕掛けた‘ルパン・ゲーム’により、全世界から監視されるハメに。。。

しだいに明かされるアミの謎、そしてルパン三世の過去を知る男の出現ールパンはいまだかつてないほどの窮地に立たされていく！