如月ハニーは聖チャペル学園に通っている女子高生だが、その正体は天才科学者・如月博士によって生み出された美少女アンドロイド愛の戦士キューティーハニーである。
ハニーは謎の秘密結社 パンサークローを捕まえるべく、対パンサークロー捜査官とともに行動する。
しかし パンサークローの幹部であるシスタージルが偽名を使い潜入。
ハニーは敵であることを知らず、シスタージルを純粋に信じ続けるが……