人類が永きに亘って壁の中に隠してきた、大いなる秘密――。
その真実に一歩近づいた調査兵団だったが、時の王政により反逆者の汚名を着せられてしまう。
しかし、人類はただ飼われるだけの家畜ではなかった。
真実を追い求めるエルヴィン・スミスの執念は兵団のトップを動かし、遂に現体制に対するクーデターが勃発する。
民衆を欺き続けた偽りの王は退き、真の王家の血を引くヒストリア・レイスが即位。自ら巨人を討ち果たした勇敢な女王のもと、人類は新たな時代を迎えようとしていた。
エレン・イェーガーが得た硬質化の能力と、そこから誕生した対巨人兵器。
着々と反抗の準備を進める人類は、悲願のウォール・マリア奪還作戦を決行する。
人類と巨人、互いの生き残りを賭けた究極の戦い。
その先にエレンは、人類は、はたして何を手にするのだろうか？