夏の終わりに起こった、何者かによる学園都市への大規模な襲撃。外部の宗教組織による犯行と発表されたこの事件に端を発し、欧米のローマ正教圏では、学園都市に対する反発が高まっていた。各地で頻発し、過激さを増していくデモ活動。そんな状況をあおるかのように、学園都市では迎撃兵器ショーが開催され、両者の緊張はいや増していた。
緊迫した世界情勢の中、学園都市のとある高校でも激しい戦いが繰り広げられていた。『クラスの三バカ』上条・土御門・青髪ピアスによるバニーガール最強論――男たちの真実を求める戦いに、鉄壁の女・吹寄を巻き込んで白熱する論戦は、罰当番の宣告によって終わりを告げる。しかし、そんな平和な日常風景の裏側で、事態は着々と動いており――。