ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。
そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに助けられながら毎日を送る裕太だった。が、その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた――。