「妖怪祓い」とは、本来すむべき「隠世」から、何らかの事情で「現世」に留まる妖怪たちを「隠世」へと送り届ける仕事である。妖怪祓いを行う物怪庵の主・安倍晴齋あへの「100万怨」支払いのため、奉公人として妖怪祓いの仕事を手伝うことになった芦屋花繪。ある日、２人が仕事を終えて物怪庵に戻ると、隠世を統制する三権神の１人、立法からのＳＯＳが届く。２人はすぐさま隠世を訪れるが、そこで芦屋は事件に巻き込まれることに…。芦屋と安倍の妖怪祓いコンビと妖怪たちの物語が再び幕を開ける。