突如出現した謎の飛翔体、ザイ。
それは、人類の航空戦力を圧倒した。
彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。
操るのは、アニマという操縦機構。
それは――少女の姿をしていた。
鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。
人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。