西暦２６６１年、地球。
人類と魔族の統一政府による統治が続く中、新たな組織が不穏な胎動を始めていた。
そのひずみは各地に広がり、かつて馬神弾と共に世界を救うために戦った仲間たちにも届きだしていた…。
馬神弾が地球を救い、光となってから１０年。
果たして〝平和〟はもたらされたのか、それとも。
バトルスピリッツは新たな歴史を刻み始める。