西暦2062年。労働力の大幅な自動化プロジェクトの失 敗後、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦 いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。

とある基地の地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレ スが目覚める。
彼女は人類の守護者３人の生き残りのうちのひとりで あった。しかし彼女には以前の記憶がない。
そんなエンプレスに平和構築軍の大佐は告げる。

エンプレスには、現在、アルテミスが建設中の月と地球 を結ぶ軌道エレベーターを完成前に破壊する使命が あることを。完成すれば月で大量生産中の巨大機械軍 が大挙して地球へやってくるからだ。
だが、その行く手を仲間であったはずのデッドマスター やストレングス、アルテミスの手先である無人軍隊やカ ルト集団＜教育機関＞のスマイリーらが阻もうとする。

さまざまな思惑が交差する中、大佐らと軌道エレベータ ーを目指して進んでいくエンプレス。
その先で待ち受けるものとは……。