新しいテクノロジーが発展した、ほんの少し先の未来。ＳＮＳでは「ホログラムゴースト」と呼ばれる真偽不明の怪奇現象の噂が飛び交っていた。中学１年生の天ノ河 宙は、父が残した「デジヴァイス」という謎のデバイスを起動したことで、普通の人には見えない未知の生き物――「デジモン」たちの姿が見えるようになる。父から預けられたやんちゃなデジモン「ガンマモン」と出会ったその日から、
宙は様々な怪奇現象に巻き込まれていく。人間の時間を盗む「口縫い男」や、
夜な夜な徘徊して人間をさらう「ミイラ男」……。ホログラムゴーストは、すぐそばで私たちを狙っているのだ。ここから先は、誰も知らない世界の裏側の物語。
宙はガンマモンや仲間たちとともに、デジモンたちが生きる不思議な世界に足を踏み入れていく。