時は近未来――2040年の日本・東京。ある難病に侵された青年・怜人は幼馴染の絵理沙と再会を誓い、病を治すため“コールドスリープ”することに。5年後に目を醒ますと、世界は大きな変貌を遂げていた。
MK（Male Killer）ウイルスによって地球上の99.9%の男性が死滅。地上は5人の男に対して50億の女性が存在する、超ハーレムとなっていた。
MKウイルスへの抵抗力を持つ男性“ナンバーズ”は、わずか5人。その1人である怜人は、残された女性たちと人類の存続のため“メイティング”（子作り）することを求められる。パンデミック後の世界に待っていたハーレム生活。同時に、怜人はナンバーズを巡る世界的な陰謀に巻き込まれていく。