舞台は古代中国、三国時代――王朝末期。神州中原は群雄割拠の時代を迎えていた。討伐によって力を持った諸侯が天下制覇を目指して、各地で蠢動し始めた。
この英傑たちに目をつけたのが、魍魎王である。戦乱を拡大させて自らの力を増大させるため、英傑たちに魍魎を取り憑かせ、乱世を引き延ばし、この世の全てを滅ぼそうと目論む。それはまさに歴史の平衡を崩さんとする、恐るべき野望であった。これに対抗するために「魎狩隊」が 天元 という組織によって編成され、魍魎たちに挑んだ。各地で魎狩隊が魍魎と戦う中、不慮の事態で全滅した六番隊が再編成されることになった。集められたのは、それぞれに事情を抱えた訳ありのメンバー。リーダー兼封印使の應幾、浄霊使の洵喬、執器使の丁研、そして〝鬼斬〟の少女、小霊。それぞれが過去にトラウマを抱えながら、生きるために、あるいは仲間を守るために、魍魎狩りに奮闘する。これは魎狩隊・新六番隊の活躍、そしてその成長を描く物語である。