生存か。消滅か。
流拓馬（cv内田雄馬）と山岸獏（cv寸石和弘）は、埋立地のゴミの山の上に立っていた。目の前には、上空から墜落したロボット＝ゲッターD2の機体がある。
19年前――。世界は、“蟲”のような謎の敵の襲撃を受ける。その戦いの中で、主要都市は壊滅状態に陥ってしまう。各国は戦力をシベリアに集結させ、敵との決戦に挑んだ。流竜馬たちの乗るゲッターロボも、その中にあった――。日本、現在。浅間山麓にある早乙女研究所の指令室で、神隼人（cv内田直哉）は戦況を見つめていた。そうだ、戦闘はまだ続いているのだ。その隼人のもとに報告が入る。墜落したゲッターD2が動き出したのだ。モニターに映った見知らぬ若者は「流拓馬」と名乗る。あの時、ゲッターロボとともに決戦に向かった流竜馬の息子だった。拓馬は、ゲッターD2を一気に上空へ飛ばし、敵との交戦に入った。隼人は待機していたパイロット、カムイ・ショウ（cv向野存麿）に命じる。「ゲッターアーク、出撃！」
新たなゲッターロボ、ゲッターアークの機体が大空を切り裂いていく。ゲッターアークの戦いは、ついに始まった。この戦いの果てに待っているのは、生存か、消滅か――。