かつて、太平洋の海底から次々と現れたKAIJUを迎撃するため、人類は巨大なロボット兵器イェーガーを開発した。時は流れ、今度はオーストラリアがKAIJUに襲撃され、大陸全土で人々は避難を余儀なくされることに。取り残された少年、兄テイラーと妹ヘイリーは、老朽化のために長く打ち捨てられていたイェーガーの操縦を覚え、わずかな望みを胸に、行方不明の両親を捜す決死の旅に乗り出す。