ギアーデ帝国が開発した完全自立無人戦闘兵器〈レギオン〉の侵攻に対応すべく、
その隣国であるサンマグノリア共和国が開発した無人戦闘兵器〈ジャガーノート〉。だが、無人機とは名ばかりであり、そこには“人”として認められていない者たち――エイティシックス――が搭乗し、道具のように扱われていたのである。
エイティシックスで編成された部隊〈スピアヘッド〉の隊長である少年・シンは、ただ死を待つような絶望的な戦場の中で、ある目的のために戦いを続けていた。そこに新たな指揮管制官〈ハンドラー〉として、共和国軍人のエリート・レーナが着任する。彼女は幼い頃、エイティシックスに命を助けられた経験を持ち、“人型の豚”として蔑まれていた彼らを人間として接しようとしていた。
戦争のための道具でしかなかったエイティシックスの少年と、将来を嘱望されるエリートの才女。決して交わることがなかったはずのふたりが、激しい戦いの中で未来を見る――。