ローガン(ウルヴァリン)はニューヨークで恋に落ちた後姿を消した真理子という日本人女性を探し、日本にやってきた。真理子の父は矢志田信玄というヤクザの首領で、信玄の屋敷に忍び込んだローガンは真理子を見つけるが、信玄が真理子を犯罪都市国家マドリブールの権力者と政略結婚させようとしていることを知る。信玄に戦いを挑むローガンだったが、特殊な毒を受けて治癒能力が低減し、信玄との決戦に敗れてしまう。瀕死のローガンは雪緒という謎の女の助けを得て、復讐のために再び信玄邸を目指す……。