女性にしか反応しない兵器「インフィニット・ストラトス」（IS）の操縦者を育成するための学校・IS学園。そこでは世界各国から集められた少女たちが候補生としての勉強に日々励んでいる―はずなのだが、男なのになぜかISを起動させることができた織斑一夏は、この学校に強制入学させられてしまう。当然、彼の周囲には女の子ばかり。「世界で唯一ISを使える男」である一夏に、彼女たちは興味津々。幼なじみの篠ノ之箒をはじめとしたクラスメイト（少女限定）に囲まれた、一夏の波瀾万丈のスクールライフが始まる!?