円堂守率いる雷門イレブンとともに、かつての敵やライバルたちによって結成された、少年サッカー日本代表「イナズマジャパン」。世界一を目指し「フットボールフロンティア・インターナショナル」に出場したイナズマジャパンは各国の強豪と激闘を繰り広げ、ついに世界の頂点に立った。その輝かしい栄光から１０年―。イナズマジャパンのＦＦＩ世界制覇によって、日本におけるサッカーの人気と地位は向上し、サッカーの強さがそのまま学校の社会的評価となるまでになっていた。イナズマジャパンに多くの選手を輩出した雷門中は、サッカー名門校として全国にその名を轟かせるまでになった。サッカーが大好きな少年、松風天馬は、夢にまで見た雷門中への入学を前に、期待に胸を膨らませていた。サッカー部を目指して雷門中の中を歩き回る天馬。ところが、天馬がそこで見たものは、たった一人相手にボロボロに打ちのめされたサッカー部員の姿だった！その相手とは、サッカー管理組織「フィフスセクター」から送り込まれた剣城京介。いまや全国のサッカーは「フィフスセクター」によって管理され、学校はフィフスセクターの指示通りの試合を行わなければならなかった。サッカー初心者ながらも、熱い想いを胸に秘めた天馬は、剣城京介にたった一人立ち向かう。少年たちよ・・・今こそサッカーを取り戻す「革命」を起こせ！