新生歴19世紀。アガルタ・ウォーター採掘の領有権を争ったフォサニア紛争が終結して５年。
あらゆる動力に“蒸気”を用いるこの時代では人体に機械を融合させて戦う機関拳闘なる格闘技が隆盛を極めていた。
戦争によって父親と自分の右腕を失い、母親も植物状態となった孤独な少年レビウスは、伯父・ザックの元で運命に引き寄せられるかのように機関拳闘に没頭し、才能を開花させていく。
そして、機関拳闘Grade-Ⅲで強敵を乗り越えていくレビウスを不敵な笑みで見つめる謎の男・Dr.クラウン。
レビウスの脳裏にフラッシュバックする戦争の記憶――。