共学へ移行したばかりの元・女学園「天日学園」へ入学した、主人公・大山タケルは、そこで「マケン」という特殊な能力を持った武器の数々を目にする。この学園では、生徒1人1人にそれぞれに適した「マケン」のレプリカが与えられ、それによって「エレメント」の扱い方を学ぶことができるのであった。タケルも例外ではなく、自らの特性に合った「マケン」を与えられるはずであったが、適する「マケン」が見つからず、しばらくの間「マケン」無しで過ごさざるを得なくなってしまう。生徒らが己の「マケン」の特性を活かして部活動をしていたため、入る部活も決められずにいたタケルは、幼馴染の勧めで学園内の事件や事故などの解決役である「魔導検警機構」（通称「マケンキ」）へ所属することとした。その中で、タケルは数々のトラブルに巻き込まれていく。