かつてアクエリオンが繰り広げた激戦が神話となって1万2千年後――「異次元」から襲来するアブダクターの拉致に、人々はおびえて暮らしていた。これに対抗するのは合体兵器「アクエリア」。その機体も学園のエレメント候補生も、男女間の恋愛や合体は禁止とされていた。だが、孤独な少年・アマタと少女・ミコノの運命的な出逢いが、すべての状況を変えていく。恋愛禁止の新たな《合体神話》が、いまここに起動する!