数年間、姿を現していなかったメガトロン率いる『ディセプティコン』が、地球に眠るエネルゴンを狙って、再び出現した。それに対抗して、オプティマスプライムをリーダーとする『オートボット』は、人類と地球の平和を守るために立ち上がった。両陣営に人類も巻き込んだ、新たな戦いの幕が開けたのであった―。