芸能禁止の時代、危険を顧みず、ゲリラライブを送り届けるアイドル達がいた。そう、彼女達の名は「AKB0048」。地球滅亡直前まで、伝説のアイドルとして輝き続けた「AKB48」。その名を襲名するという形で受け継いだ超銀河アイドルチームの物語。21世紀初頭、惑星間航行技術を巡って世界大戦が勃発。人類自らが生態系に大きなダメージを与え、地球外への脱出をよぎなくされた。宇宙へ生活の場を移した人類の新たな歴史、それは「星暦00年」をもってスタートする。間もなくして、超銀河連合（仮）の支配・統制により、“芸能”や“歌”が“人のココロを乱すモノ”として規制される“芸能禁止法”が成立。一部の地域（芸能絶対防衛圏）を除いては、芸能活動は厳しく罰せられる事となった。アイドルが次々に姿を消していく・・・。人類のココロは暗い闇に包まれていくのだった――。 かつて”アイドル”と呼ばれた存在は絶滅したかに思えた。だが、そんな時代に復活したアイドルグループがあった。「AKB0048」かつて地球の存亡をかけた戦いの中、傷ついた人々の心に光を灯すべく、アイドルとして最後まで歌い、踊り続けた“AKB48”。そんな伝説のメンバー達の光と魂を受け継ぎ、その名を襲名する形で、「非合法アイドル」として立ち上がったのだ！