ある嵐の夜、真っ暗闇の小屋の中で偶然出会ったオオカミのガブとヤギのメイは、お互いの姿を知らないまま意気投合して仲良くなり、再会の約束をします。次の日、初めてお互いの姿を見てビックリ！でも２匹は相手を、そして自分を信じて友達になります。
こうして誰にも言えない「ひみつのともだち」となった２匹は、様々な事件を乗り越えて強い絆で結ばれていきます。