シンオウ地方のチャンピオン・シロナと再会したサトシたちは、シロナと共にイッシュ地方の東側「イーストイッシュ」へ旅立つことに! そこには、カイリューや、リオル、イーブイなどイッシュ地方以外のさまざまなポケモンたちや、サトシがシンオウ地方で共に冒険をした仲間! ヒカリやポッチャマたちの姿が・・・。そしてなんと! 幻のポケモンメロエッタがサトシたちの仲間になって大冒険が始まる! さらに、優勝すればイッシュ地方チャンピオン・アデクに挑戦出来るというバトル大会「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」も開幕! サトシたちはもちろん、シロナや四天王・カトレアも参加! その他にもサトシの新ライバル登場や、ボス・サカキによるロケット団史上最大の大作戦が幕を開けるなど、盛りだくさんのシーズン2。