【フェアリィ・ダンス編】《ソードアート・オンライン》に閉じ込められたキリトこと、桐ヶ谷和人は、ヒースクリフこと、茅場晶彦との死闘のすえ、現実世界へ生還を果たす。同時にデスゲームを生き残った者たちも生還するものの、アスナをはじめ300人のプレイヤーたちは意識を取り戻さず、眠りつづけている。アスナを、愛する人を救うため、キリトは新たなるVRMMORPG《アルヴヘイム・オンライン》に挑む。そこは、妖精たちが舞う、全く新しい世界だった－－－。　【アインクラッド編】2022年。人類はついに完全なる仮想空間を実現した。VRMMORPG(仮想大規模オンラインロールプレイングゲーム)「ソードアート・オンライン」のプレイヤーの一人であるキリト。SAOの世界を満喫していた彼は、ログインした他の1万人のプレイヤーと共にゲームマスターから恐るべき託宣を聞かされる。それは、ゲームをクリアすることだけが、この世界から脱出する唯一の方法であること。そして、このゲーム内でゲームオーバーは、現実世界での"死"を意味すること。それが、このゲームの恐るべき全貌であった。キリトは、いち早くこのMMOの"真実"を受け入れ、パーティーを組まないソロプレイヤーとして、終わりの見えない死闘に身を投じていく……。