両親を失い、絶望の淵にいた少年・直枝理樹。そんな彼に救いの手を差し伸べたのは「正義の味方・リトルバスターズ」を名乗る少年達のリーダー「棗恭介」だった。彼ら４人と過ごすお祭り騒ぎのような日々。理樹はいつの間にか心の痛みも寂しさも忘れていた。

――それから数年後。理樹達の友情は変わらず続いていたが、進学や就職…将来のことを考えなければいけない歳になっていた。理樹は再びみんなで“今でしか出来ない何かをしたい”と願い始める。そんな彼の願いに応えるかのように、ある日突然、恭介は宣言する。「野球チームを作る。チーム名は…リトルバスターズだ」かけがえの無い青春の真っ只中、理樹とリトルバスターズの物語が幕を開ける！