九十九遊馬が優勝を手にしたWDC(ワールド・デュエル・カーニバル)が幕を閉じ、平和が訪れたハートランド・シティ。遊馬とアストラルも、仲間たちとともに学園生活に戻り、デュエルを楽しんでいた。一方その陰で、アストラルの記憶のかけらであるNo.(ナンバーズ)を狙い、暗躍している者たちがいた。それはアストラル世界と敵対するバリアン世界。彼らはモンスター・エクシーズをカオス化する「RUM(ランクアップマジック)」を切り札に、遊馬たちの前に立ちはだかる! 遊馬とアストラルは、想像をはるかに上回るバリアンのデュエルに驚愕する…。しかしこの危機に、「アストラル世界を救いたい!」という遊馬の強い想いに動かされたカイトと凌牙が再び集結。3人は仲間との絆を胸に、エースモンスターを従えデュエルに挑む! 遊馬とアストラルの新たなる闘いが、今始まる!!