風紀委員長「雲仙冥利」との戦いに勝利した「黒神めだか」。この戦いによって、箱庭学園は「フラスコ計画」を巡る新たなる戦いの火蓋が切られた。目安箱により、箱庭学園理事長「不知火袴」総帥に呼び出されためだかは、新たな依頼を受ける。雲仙の戦線離脱により、理事長主宰のプロジェクトに参加してほしいとめだかに頼む不知火袴。「私は便宜上、それを「フラスコ計画」と呼んでいます。」『十三組の十三人』を擁する「不知火袴」の野望、天才を人工的に作り出すこと――。『十三組の十三人』の王土により、フラスコ計画の全貌を聞かされためだかはある決意をする。「生徒会長権限を発動させるぞ、善吉よ。フラスコ計画を今日中に叩き潰す!!」