WBMAは、「B‐クリスタル」の暴走によって、意思を持つビーダマンの存在とその謎を解き明かすために、極秘にビーダマン大会「クロスファイト」を開催していたことを公に発表したその頃、「クレストランド」と呼ばれる都市でも同じくB－クリスタルの暴走によって異変が生じていた・・・。物語の舞台「クレストランド」では、バトルで負けた敗者は勝者に決して逆らえない「ロードファイト」と呼ばれる非道なる掟のもと、ビーダーたちは殺伐とした争いの日々を過ごしていた。主人公「御代カモン」は「クレストランド」南エリアに住む、明るく元気でビーダマンが大好きな男の子。だが、同居する姉の「アオナ」以外、家族のこともビーダマンのことも、過去の記憶を失っていた。ある日、カモンはビーダマンショップ「B－ジャンク」の店主「ゴギョウ」の所に宅配に行き、そこでビーダマン「ガルバーン」と出会う。過去の記憶は戻らないままだが、なぜか懐かしさを感じるカモン。そしてこの日から「ガルバーン」をパートナーに、再びビーダマンを始めるのであった。一方その頃、 WBMAは謎のベールに包まれた「クレストランド」のビーダマンの実態を調査するため、「白銀スバル」達をクレストランドへ派遣させる。スバル達を通して「ロードファイト」ではなく「クロスファイト」を広めることが目的だ。「クロスファイト」のビーダーたちとの熱いバトルを通じて、ビーダマンの真の楽しさを理解し始める「クレストランド」のビーダーたち。カモンも失ったビーダマンの記憶を次第に思い出し、クレストランドの『ビーダマン』を正しい道に導いていくため、熱いバトルを繰りひろげていく・・・。