クルーとの壮絶な闘いで命を落としたとされる伝説の英雄トロン。いまやグリッドは、裏切り者のクルーとテスラー将軍の支配下。そんな中、不条理な圧政に、無謀にも一人反旗を翻す若き青年が現れる。その名はベック。瀕死の重傷を負い、身を潜めていたトロンは、彼を自らの後継者と見込んで、密かに訓練を授ける。遂に次世代トロン「誕生」の時を迎える!