忍――。それは遙か昔、戦国の世にあった影（かげ）の存在。人の中に隠れ、探り、煽り、騙し、壊し、そして殺す――。あらゆる闇の仕事を引き受けていた陰（かげ）の存在。いつしか人々の心から消え去り、おとぎ話のように語られるだけになってしまった翳（かげ）の存在。しかし、彼らが人々の心から消え去ろうとも、人々の業が変わることはない。いまだ闇の世界に生きるものは必要とされ続けている。忍は今も存在しているのだ。現代の忍の雇い主は、政治家や大企業の幹部たち。強大な権力を持った彼らの中には、忍を己の欲を満たすための道具と考えているものもいる。そんな闇に動かされた“悪忍”たちに対抗するために、政府はあるプロジェクトを立ち上げた。“善忍”――そう呼ばれる国家所属の忍を育成する機密
プロジェクトである。そして“善忍”を育成するために作られた機関が「内閣特務諜報部諜報一課付特殊機密諜報員養成所」――通称、忍学科。学生数1000人を抱える名門マンモス進学校「国立半蔵学院」の知られざる裏の姿。この物語は悪と戦う"善忍"となることに青春を捧げた、国立半蔵学院忍学科に籍を置く5人の少女たちの愛と勇気の軌跡である。