主人公のトワイライトスパークルはユニコーンの女の子。ユニコーンやペガサス、ポニーたちが暮らす平和なエクエストリアの王都キャンタロットに住んでいた。ところが、真面目で読書家のトワイライトは、女王・プリンセスセレスティア様から『本を読むばかりではなく、友情について学びましょう』と、命を受け、ベビードラゴンのスパイクをお供に、田舎の町ポニービルに行くことになり……そこで大変なことに巻き込まれてしまう!? さて、どんな面白い友達と出会うのかな？ そして、友情について学ぶこと ができるかな？