平和な宝石の国・ジュエルランド……。ある日、ジュエルランドのお城に集合したルビーたちジュエルペットは、ジュエルランドの女王・ジュエリーナ様から魔法のジュエルボックスを託された。ジュエルボックスに魔法の宝石を集めるととてもハッピーで素敵なことが起きるらしい。そのためには新しい友達を作らなければならない。ひとまず、新しい友達を求めてジュエル学園という学校に行き、ジュエルペットカフェをオープンすることになったルビーたち。しかし、ジュエル学園に行くとカフェの建物はボロボロで、さらにルビーの魔法の失敗により生徒たちから怖がられてしまう。途方に暮れていたルビーたちに声をかけたのが、ジュエル学園の生徒・ちありだった。ちありはいつも運が悪いけれど元気で前向きでルビーと気が合うようだ。ちありの友達・ねねとるるかも加わって、カフェのメニューも決まり、校内で宣伝のチラシをまいたりと、カフェの準備が進んだのも束の間、ルビーがまた魔法を失敗してしまう。さらに、その失敗のどさくさで、大切なジュエルボックスがどこかに飛んで行ってしまった!