ポケモンレスキュー隊のバージルは山岳救助の任務を終え基地に戻る途中、とある山に緊急着陸。そこで出会った少女アンナと老人オスカーから、見たこともないポケモンに助けられたという不思議な体験を聞いていた。すると・・・「そのポケモンは『ミュウツー』です！」突然、謎の男・ダンクが声をかけてきた。先日、自分もミュウツーに助けられたのだと語るダンク。だがミュウツーはその時に大きな怪我を負ってしまったのだと言う。バージルたちはすぐにミュウツーの救助に向かおうとするが、人間に作られたというミュウツーは人間を信用していないらしい。そこでバージルはイーブイ達に、アンナは森に住むポケモンたちに呼びかけ捜索開始！ だがそこには、ポケモンたちの後を追う怪しげなカメラと不敵に笑うダンクの姿が・・・。果たしてダンクの目的とは！？ さらに次々と明らかになるミュウツーの過去！ ・・・そしてついに！覚醒したミュウツーの壮絶なバトルが幕を開ける！！