偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホームズ』が現れてから2年。ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。その街に住むカズミとアリスは幼馴染同士の13歳。違う探偵学院に通いつつも帰り道で落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための勉学に励んでいた。そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた2人。追いかけた先で彼女たちが見たものは……？