宇宙中を巻き込んだ史上最悪の決戦から2年。平和を取り戻した江戸を去った銀時だが、素性を隠して舞い戻ってきていた。銀時の行方も知らず一人万事屋を続ける新八と、年齢を自在に操る秘技を身につけた神楽が再会し……。一方そのころ真選組は！？