オルペウス・オーダーとの戦いを終えたカイトたちは進級して平穏な日々を送っていた。そこにレイツェルと名乗る女が現れて、カイトにパズルバトルを挑み、さらには謎の男エニグマも登場。すべての鍵は「神のパズル」に挑んだ男・真方ジンが握っているというが……。 主人公たちが敵とさまざまなパズルで戦いを繰り広げる「ファイ・ブレイン」シリーズの第3期。