2047年の未来、地下5万mにある“神話層”から高純度のエネルギー金属・ガイメタルが発見された。ガイメタルは世界中で発掘されるようになったが、2055年になって、全身をガイメタルで覆った金属生命体ガイストが出現して人々を襲い始めた。ガイストに対抗するため、人類は超国家ガイスト対策組織「ガイストクラッシャーギャリソン」を設置、ガイストとの戦いを開始する。