魔法――。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀弱。国立魔法大学付属第一高校・通称「魔法科高校」に入学することとなった、ある欠陥を抱える兄・司波達也と、全てが完全無欠の妹・司波深雪。彼らがこの魔法科高校に入学した時から、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた――。