舞台は1987年の日本。100年の時を経て、ジョナサンの肉体を乗っ取ったDIO（ディオ）が復活した。それと共鳴するかのようにジョセフの孫の空条承太郎に、幽波紋（スタンド）という能力が発現する。DIOの影響によって危篤に陥った母の空条ホリィを救うため、承太郎はジョセフらと共にDIOの潜むエジプトを目指す。