対話不能の異生物・寄居子(ガウナ)に破壊された太陽系。かろうじて生き残った人類の一部は、小惑星を船体とした巨大なる宇宙船・シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。地下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長手(たにかぜながて)が、祖父の死を期に街へ出る。長手は人型巨人大装甲・衛人(モリト)の操縦士訓練学校に入学することになり、そこで初めて祖父以外の人間と触れ合っていく。長道が初めて異性を意識する女性 ─ 星白閑(ほしじろ しずか)長道の初めての友人となった男でも女でもない人間 ─ 科戸瀬 イザナ(しなとせ いざな)長道に苛立ちを覚える少年 ─ 岐神 海苔夫(くなと のりお)様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、寄居子が出現。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は何を選択するのか? 人類の存亡をかけた戦いが今、始まる──。